昌珠寺位于山南雅礱河東岸的貢布日山南麓，距乃東縣約二公里，屬格魯派寺院。建于松贊干布時期，據說文成公主曾在該寺駐足修行。寺中懸掛有一口銅鐘，在整個西藏都很有名。
  昌珠寺珍珠唐卡為鎮寺之寶，所畫的是堅期木尼額松像（觀世音菩薩憩息圖）。整個唐卡長2米，寬1.2米，共耗珍珠26兩（計29026顆），鑲嵌鉆石一顆，紅寶石二顆，藍寶石一顆，紫寶石0.55兩，綠松石0.91兩（計185粒），珊瑚4.1兩（計1997顆），黃金15.5克。昌珠寺系吐蕃時期第一批興建的佛教寺廟之一，地當昌珠區治所。這兒林木蔥蘢，風景絕佳，古往今來一直是山南的政治經濟中心之一。
昌珠寺建于松贊干布時期。傳說文成公主用五行算法算出妖魔羅剎女的一臂在貢布日山的西南方向，需建一寺鎮壓，方能保證國運昌盛，而那兒是一大湖，湖中有一五頭怪龍在興風作浪，于是松贊干布即在貢布日修法，終成正果，遂令大驚鳥降伏了怪龍，湖水也隨之干涸，昌珠寺亦即在此建成。傳說帶有濃厚的神話色彩，但是將昌珠寺和松贊干布、文成公主及大昭寺聯系在一起，至少說明關于該寺始建于松贊干布時期的說法是可信的。 　　昌珠寺最早的建筑，是現主寺對面的小殿，名“乃定拉康”，習慣上則常稱“乃定學”（第一層）、“乃定當”（頂層）。乃定學東西長10.2米，南北寬7.3米，內有六柱。殿內后壁原供奉佛像甚多，本尊則為松贊干布。乃定當與乃定學范圍相同，本尊為蓮花生。據說這幢早期建筑當年是用“貝瑪”草堆砌起來的，而現在的建筑則是石木結構，說明是晚期修繕的格局。